ファイル転送やワークフロー（プロジェクト）はGoAnywhere MFT™より様々な方法を用いて実行することができます。プロジェクトはGoAnywhere MFT機能のスケジューラや、既存のスケジューラソフトウェアを利用して、将来の日付と時刻に実行するようにスケジュールすることができます。また、ファイルのモニター機能を利用し、監視しているフォルダにファイルの新規作成・変更・削除があった際に自動で検知してプロジェクトを実行することができます。

プロジェクトはローカル/リモートのコマンドラインや、スクリプト、MFTで提供するコマンドとAPIから実行することもできます。トリガは、ユーザーアクティビティイベント(ファイルアップロードまたはダウンロード)を監視することができます。 

GoAnywhere MFTのブラウザベースの管理画面上でユーザーは、マウス操作で認可されているプロジェクトを実行することができます。

GoAnywhere MFTは、エンタープライズグレードのジョブ管理システムで同時に複数のプロジェクトを実行することができます。管理者は、共通の特性やサービスレベル契約（SLA）を共有するグループプロジェクトに複数のジョブ・キューを定義することができます。各ジョブキューは、仕事の優先順位だけでなく、そのキューから実行できる並行ジョブの最大数を定義することができます。ジョブキューは、ブラウザベースの管理を使用して管理し、優先順位を付けることができます。 プロジェクトは、ユーザーが対話的に一度に作業を1ステップを実行することができ、デバッグモードで実行することができます。次のタスクが実行される前に、各停止点で、変数の値を表示または変更することができます。